Abstract
sfondo
terapia parodontale convenzionale mira a controllare biofilm sopra e sottogengivale. Sebbene la terapia parodontale ha dimostrato di migliorare la salute parodontale, esso non arresta completamente la malattia. Quasi tutti i soggetti compiacenti con la manutenzione parodontale continuano a sperimentare la perdita progressiva di attacco clinico e una frazione di loro perde i denti. Un trapianto microbica orale
può essere una nuova alternativa per il trattamento di parodontite (ispirato trapianto fecale). In primo luogo, si deve stabilire che microbiomes di salute orale e parodontite sono distinti. In tal caso, il microbiome salute associati potrebbe essere introdotta nella cavità orale del paziente periodontite. Questo si riferisce agli obiettivi del nostro studio: (i) per valutare se le comunità microbiche di tutta la cavità orale di soggetti con parodontite erano diverse da o la salute orale contrastato da microbiotas di carie e pazienti edentulia; (Ii) per testare in vitro
se concentrazione di sicurezza di ipoclorito di sodio potrebbe essere utilizzato per l'eradicazione iniziale della microflora orale originale seguito da neutralizzazione sicuro della ipoclorito prima del trapianto.
Metodi
Sedici sistemica adulti sani bianchi con segni clinici di una delle seguenti condizioni orali sono stati arruolati: parodontite, carie stabiliti, edentulia, e la salute orale. campioni di biofilm orali sono stati raccolti da siti sub e sopragengivale e mucose orali. DNA è stato estratto e 16S rRNA geni sono stati amplificati. Ampliconi dello stesso paziente sono stati raggruppati, sequenziati e quantificati. placca orale del volontario è stata trattata con soluzione salina, 16 mm NaOCl e ipoclorito di sodio ascorbato neutralizzato da tampone seguita dalla placcatura su agar sangue.
Risultati
trame ordinazione delle abbondanze gene rRNA rivelato raggruppamenti distinti per le microbiomes orali di soggetti con parodontite, edentulia , o la salute orale. Il microbiome orale nei soggetti con parodontite ha mostrato la più grande diversità ospitare 29 specie batteriche in significativamente più alta abbondanza rispetto ai soggetti con le altre condizioni valutate. soggetti sani era significativamente più alta abbondanza in 10 specie microbiche rispetto alle altre condizioni. NaOCl ha mostrato forti proprietà antimicrobiche; ascorbato non tossico è stato in grado di neutralizzare l'ipoclorito
. Conclusioni
distinte firme microbici orali sono stati trovati nei soggetti con parodontite, edentulia, o la salute orale. Questa scoperta apre un potenziale per una nuova terapia, in cui una intera comunità microbica orale correlata alla salute dovrebbe essere trapiantato al paziente malato.
Parole
batterioterapia microbica trapianto di carie edentulia parodontite Red materiale supplementare elettronici complessi
Il versione online di questo articolo (doi:. 10 1186 /s12903-015-0109-4) contiene materiale supplementare, che è disponibile per gli utenti autorizzati
Sfondo
Il microbiome orale umano è composto di una grande varietà. di microrganismi che svolgono ruoli importanti nella salute e nella malattia. Batteri, per esempio, mantenere [1] salute orale e sistemica, ma può anche causare la malattia. I batteriofagi forma diversità microbica [2]. Protozoi e funghi consumano residui di cibo e altri microbi [3, 4] e di archeobatteri utilizzare sottoprodotti di fermentazione per produrre metano [5]. Tuttavia, in termini di specie microbiche, la nostra attuale comprensione del microbioma orale umana è limitata ad alcuni microrganismi ben studiato. Sulla base di ciò che si conosce questi microbi, i ricercatori hanno sviluppato modelli concettuali con l'esplicito scopo di determinare l'eziologia delle malattie orali (ad esempio, [6, 7]). Questi modelli suggeriscono interazioni putative tra i microrganismi e tra microrganismi e l'host. Sebbene questi studi hanno notevolmente avanzato del settore, studi recenti dimostrano che la cavità orale è un habitat complesso e dinamico composto da centinaia di specie diverse che interagiscono [8, 9].
Il modello concettuale per la periodontite è che Porphyromonas gingivalis, forsizia Tannerella , Treponema denticola actinomycetemcomitans Aggregatibacter Quali sono responsabili della malattia [6, 10, 11]
e. Prove da modelli animali ha indicato che questi batteri possono turbare l'omeostasi tissutale manipolando vie di segnalazione dell'ospite e una volta che l'immunità innata è compromessa, causare un cambiamento nella relativa abbondanza di microbi, con conseguente infiammazione e perdita di tessuto osseo [12, 13]. Tuttavia, è ben noto che questi batteri cioè, P. gingivalis, T. forsizia, T. denticola, A. actinomycetemcomitans
, si trovano anche in cavità orale sani (ad esempio, [14-19]). Inoltre, P. gingivalis
non si trova in più della metà dei pazienti con parodontite cronica o aggressivi [20]. Il paradosso di questi microbi che sono presenti in entrambe le domande di salute e di malattia la validità delle basi concettuali della eziologia della parodontite, che invita a modi alternativi di pensare parodontite così come altre malattie orali.
Convenzionali terapie parodontali mirano a controllare biofilm sopra e sottogengivale, gestione di fattori prognostici quali scarso controllo glicemico in soggetti con diabete mellito e il fumo attivo [21, 22]. Anche se la terapia parodontale ha dimostrato di migliorare la salute parodontale e ridurre il tasso di ulteriore perdita clinica di attacco [23, 24] e la perdita dei denti a causa di parodontite [25-27], ma a corto di arrestare completamente la malattia. Quasi tutti i soggetti compiacenti con cura la manutenzione parodontale continuano a mostrare segni di progressiva perdita di attacco clinico, e uno a due terzi di loro, perdono uno o più denti nel corso di un lungo periodo di cura parodontale manutenzione [28, 29]. Crediamo nuovo pensiero è necessario per la ricerca di metodi efficaci di trattare parodontite.
La conoscenza da un campo diverso indica che una comunità microbica appropriata è la chiave per mantenere la resistenza contro le infezioni. Un esempio classico è il microbioma intestinale, che protegge l'host da Clostridium difficile
(CD) infezione. In particolare, alcuni pazienti sviluppano la colonizzazione CD del loro intestino in seguito al trattamento antibiotico, che sradica il loro microbiome innata. Una strategia di successo per la lotta contro CD trapiantando flora intestinale da un donatore sano è stato medico ha registrato più di 50 anni fa [30]. (Le origini della procedura di tornare al 4
secolo in Cina [31]). In particolare, una sospensione di feci prelevato da un partner intimo sistemica sano, parente o un amico è introdotto nel tratto gastrointestinale del destinatario tramite colonscopia, clistere o un sondino nasogastrico. Recenti rapporti di riesame sistematico circa il 90% di efficienza di eradicare l'infezione CD da un trapianto fecale [32]. Oltre l'infezione CD, altre malattie potenzialmente disbiosico sono risultate sensibili al trapianto microbica, come la malattia infiammatoria intestinale, obesità. Per una rassegna sugli sviluppi attuali nel budello trapianto microbica vedere Kelly et al. [33].
Ispirato dal successo del trapianto fecale, qui abbiamo presentato un concetto di un trapianto microbica come potenziale terapia per la parodontite. Prevediamo la terapia di composto di tre fasi: (i) la raccolta e sub microbiota sopragengivale da un donatore sano, ad esempio, il coniuge o il partner; (Ii), l'esecuzione di pulizie, la pianificazione radice profonda e l'applicazione di un agente antimicrobico ad ampio spettro per il paziente parodontite; e (iii) neutralizzare l'agente antimicrobico subito dopo da un risciacquo con una sospensione microbica raccolto dal donatore sano nel paziente periodontite.
Gli obiettivi di questo studio erano due volte. Il primo obiettivo è stato quello di valutare se l'intera comunità microbica orale di parodontite è stato diverso da carie stabiliti, edentulia, e la salute orale. Il secondo obiettivo era quello di testare un approccio per l'applicazione di un ampio spettro di sicurezza agente antimicrobico (NaOCl) per ridurre in modo significativo il carico di microbiome esistente seguita da neutralizzazione di questo agente ad essere trapiantate microbica.
Metodi
studiare materie
soggetti adulti sono stati reclutati presso il Dipartimento di Parodontologia, Università di Washington, Seattle, WA, USA e la Sezione di Parodontologia, Università di Düsseldorf, Germania. Un consenso informato scritto per la partecipazione allo studio è stato ottenuto dai soggetti. Lo studio è stato approvato dalla University of Washington Institutional Review Board, ref. numero 3570. I soggetti sono stati arruolati se avessero una delle seguenti condizioni cliniche: parodontite grave, carie, edentulia, o la salute orale. Un caso parodontite è stato definito come avente almeno 2 siti interprossimali a diverse denti con perdita di attacco clinico (CAL) pari o superiore a 6 mm e almeno 1 sito interprossimale con profondità di sondaggio (PD) o superiore a 5 mm [34] e un minimo di 20 denti permanenti, che non includono il 3 rd molari. I soggetti sono stati esclusi dal gruppo parodontite se avessero più carie lesione stabilita o portavano una protesi parziale rimovibile. Un caso di carie è stato definito come avente la seguente numero di denti con carie stabiliti lesioni: 6 o più denti in soggetti dai 20 ai 34 anni di età; 4 o più denti in soggetti da 35 a 49 anni di età; e 3 o più denti in soggetti di 50 anni di età e anziani. carie Fondata stata definita come una classe 4 lesione secondo il rilevamento della carie internazionale e sistema di valutazione. Il numero di denti con carie lesione carie casi era maggiore di una deviazione standard sopra la media della carie misura nella rispettiva fascia di età U.S.A. [35]. I criteri di esclusione per un caso di carie erano siti interprossimali con CAL pari o superiore a 4 mm o PD o superiore a 5 mm [34]. Un caso edentulo doveva essere completamente edentula in entrambe le mascelle ei denti doveva essere estratto più di un anno prima dell'iscrizione nello studio. Un caso in buona salute è stato definito come avente 28 denti, senza contare 3 molari Rd, o 24 o più denti, senza contare 3 rd molari se premolari erano stati estratti per motivi ortodontici o erano congenitamente mancanti con segni di orale malattia. I criteri di esclusione per un caso di buona salute compresi: il fumo, perdita dei denti permanenti a causa di carie o parodontite, altri siti interprossimali con CAL di 4 o superiore o PD o superiore a 5 mm, o qualsiasi lesioni cariose stabiliti. Exclusioncriteria per tutti i gruppi inclusi: lesioni orali delle mucose, malattie sistemiche, e l'uso di antibiotici o antisettici locali entro 3 mesi prima dello studio
raccolta del campione
Per tutti, ma i pazienti edentuli, è stato raccolto placca sopra e sottogengivale. da sei siti con il più profondo profondità di sondaggio in ogni sestante. Uno sterile punta di carta per ogni sito è stato inserito l'aspetto più profondo della tasca parodontale o solco gengivale. Biofilm da mucose orali è stato raccolto facendo scorrere un tampone di cotone sterile sulle superfici epiteliali del labbro, destra e sinistra mucose buccali, palato, e dorso della lingua [36]. I campioni sono stati conservati a -80 ° C.
Metodi molecolari
microbica DNA è stato isolato da cellule di interruzione fisica e chimica utilizzando perline zirconia /silicio e estrazione con fenolo-cloroformio in un FastPrep-24 tallone battitore [37]. Procariotiche rRNA 16S geni sono stati amplificati utilizzando primer universali (27 F e 1392R) utilizzando il kit GemTaq da MGQuest (Cat # EP012). Il programma PCR coinvolto una fase di pre-amplificazione di 10 cicli con temperatura di annealing di 56 ° C seguiti da 20 cicli di amplificazione con temperatura di annealing a 58 ° C. In ogni ciclo, il tempo di allungamento è stato di 1 minuto 10 secondi, a 72 ° C. PCR è stato messo a punto dai allungamento estesa per 5 min. I prodotti di PCR sono stati purificati con il DNA Clean & amp; colonne concentratore (Zymo Research, USA) e quantificato utilizzando il NanoDrop (Agilent, USA).
Per motivi tecnici, per alcuni soggetti, sottogengivale e microbiotas mucose sono stati riuniti in un unico flacone, mentre per altri soggetti la subgengivale e della mucosa microbiotas sono stati conservati separatamente. Poiché il nostro obiettivo è stato quello di indagare l'intera comunità microbica, per la Supra immagazzinate separatamente e campioni microbiota sottogengivali, uguali quantità di prodotto di PCR derivati da campioni di tamponi e punta di carta sono stati riuniti insieme per ogni paziente. Per i pazienti edentuli, non ci sono stati campioni di punta di carta. Ogni prodotto purificato PCR 500 ng, è stato etichettato con un multiplex Identifier (MID) durante la fase di preparazione Roche Rapid biblioteca. Quattro sequenze MID-tag, che rappresentano ciascuna delle condizioni, sono stati combinati in concentrazioni equimolari e sottoposti a protocolli emPCR e sequenziamento del DNA, come specificato da raccomandazioni del fabbricante per lo strumento Roche 454 Jr.
. L'analisi dei dati
Le sequenze ottenute sono stati separati dai loro rispettivi Multiplex Identifier (MID) e caricato sul server web MG-RAST [38]. Il gasdotto MG-RAST ha valutato la qualità delle sequenze, brevi sequenze rimossi (moltiplicazione di deviazione standard della lunghezza di taglio del 2.0) e rimosso le sequenze con ambigui bp (non ACGT; massimo numero consentito di coppia di basi ambiguo è stato fissato a 5). Il gasdotto annotato le sequenze e ha permesso l'integrazione dei dati con campioni metagenomic e genomiche precedenti. La banca dati RDP è stato utilizzato come fonte di annotazione, con l'identità di sequenza minima del 97%, il massimo di taglio e-value al 10 -5, e la lunghezza minima sequenza di 100 basi. analisi Alpha diversità è stata condotta in MG-RAST.
trasformazione ortogonale dei geni rRNA annotati ai loro componenti principali (PC) è stato condotto utilizzando abbondanze normalizzati [39, 40]. Normalizzazione dell'abbondanza è stata eseguita in modo identico alla procedura utilizzata dalla MG-RAST. In particolare, abbondanza sono stati aumentati di uno, log2 trasformate, e centrato per la produzione di valori relativi. I valori relativi sono stati standardizzati da dividendoli per la deviazione standard dei valori log2 [38]. I dati sono stati graficamente su un terreno coordinamento dimensionale 2. Per determinare il contributo relativo della specie microbiche per la trama, denotiamo con X la matrice 16 da 578 (pazienti per specie) dei valori di abbondanza normalizzati. La matrice X è stata utilizzata per produrre un 16 × 16 matrice D delle distanze tra tutte le coppie di soggetti. coordinare analisi (PCOA, cioè, scaling multidimensionale) Principal stato ottenuto eseguendo analisi delle componenti principali (PCA) sulla matrice delle distanze, D. La distanza euclidea metrica è stato usato per creare questa matrice, ma questa metrica prodotto risultati simili a quelli quando la alternativa distanza Bray-Curtis è stato utilizzato. Per indagare e visualizzare le differenze tra i quattro gruppi di pazienti, i primi due componenti principali, PC1 e PC2, della matrice di distanza D sono stati mantenuti. Per stabilire quali specie sono stati più prominente responsabile per i raggruppamenti, la proiezione di ogni specie sul (PC1, PC2) aereo è stato calcolato; quelle specie con i più grandi proiezioni sono visualizzate nel pannello di destra della Fig. 3. Che è, questa figura mostra un biplot della specie PC1 e PC2 più altamente correlati.
Test di Mann-Whitney (alfa = 0.05) è stato utilizzato per indagare differenza significativa nella abbondanze relative normalizzati. I dati sono stati normalizzati abbondanza in due modi diversi: MG-RAST normalizzazione come descritto sopra e abbondanza prime normalizzato al numero totale di letture in un campione. Le differenze di diversità alfa di condizione sono stati determinati utilizzando ANOVA. A due code T-test, supponendo che la varianza disuguale, sono stati utilizzati indagare se ci fosse significativamente diversa nei mezzi (alfa = 0.05). Queste analisi sono state effettuate utilizzando SAS JMP.
Esperimenti di sodio ipoclorito
Secondo concentrazione precedentemente suggerito [41], gli esperimenti sono stati condotti ipoclorito di sodio con una diluizione 1:50 della candeggina per uso domestico 6% (Chlorox, The Clorox Company, Stati Uniti d'America), la "soluzione di lavoro di ipoclorito". La diluizione corrisponde a 16 mm NaOCl. L'agente neutralizzante era un tampone sodio ascorbato prodotta regolando il pH di una soluzione di acido ascorbico 23 mM con concentrato NaOH fino a pH 5,3
Tre campioni di placca dentale da un volontario è stato sottoposto a tre sfide:. (I) risospensione in soluzione salina, (ii) risospensione in soluzione di ipoclorito di lavoro e (iii) risospensione in soluzione di lavoro ipoclorito precedentemente neutralizzata a parità di volume del buffer ascorbato. campioni di placca risospesi sono stati piastrati su piastre di agar sangue. concentrazione di cloro attivo
è stata crudamente valutata mediante colorimetria iodio. Una soluzione colorimetrico conteneva 1 volume di 0,1% stabilizzata soluzione d'amido (Fisher Scientific) miscelato con 0,1 volume di 1 M ioduro di potassio. Due volumi della soluzione colorimetrico sono stati miscelati con 1 volume della soluzione contenente NaOCl. colore blu intenso indicato cloro attivo rilevabile. Iodio colorimetria è stato calibrato con una serie di diluizioni della soluzione di lavoro di ipoclorito con le seguenti diluizioni 1: 200, 1: 400, 1: 800, 1: 1600, 0. Il dilution1: 800 ancora mostrato un accenno di blu, mentre 1: 1600 era completamente incolore
. Risultati
Demografia
Un totale di 16 soggetti, 4 soggetti con ciascuna delle condizioni orali valutati, sono stati arruolati nello studio. Dieci soggetti erano dalla Germania e 6 dal U.S.A .; 9 erano femmine e 7 maschi. L'età dei soggetti arruolati variava da 28 a 92 anni. I soggetti con parodontite hanno avuto una mediana di 34 siti (range 15-48) con PD da 4 a 6 mm e 5 siti (range 4-26) con PD di 7 mm o superiore, mentre nessuno dei soggetti con carie e nessuno dei sani soggetti avevano altri siti con PD pari o superiore a 4 mm. I soggetti con carie avevano una mediana di 14 denti (range 9-17) con la carie stabiliti mentre parodontite e soggetti sani sono stati per lo più carie libero (Tabella 1) .table 1 demografia della popolazione di pazienti
Condition
Parameter
Healthy
Periodontitis
Caries
Edentulous
America/Europe
0/4
2/2
2/2
2/2
Male/Female
2/2
2/2
2/2
1/3
Ages
41 (31-52) un
47 (28-58)
39 (29-49)
77 (58-92)
Numero di denti
27 (25-28)
28 (22-30)
28 (22-31)
0
ICDAS ≥ 4
0
0 (0-1)
14 (9-17) sull'oggetto -
PD ≤ 3 millimetri
100
62 (26-79)
100 - Wooel.com
PD 4-6 mm
0
34 (15-48)
0 sull'oggetto -
PD ≥ 7 millimetri
0
5 (4-26)
0 sull'oggetto -
ICDAS decadimento
internazionale rilevamento delle carie e sistema di valutazione, 4
denota stabilito (dentina ombra), PD
profondità della tasca
aMedian (min-max)
microbiche firme
La media (± std ) numero di 16S rRNA amplicons sequenze per individuo microbiota orale era 13.104 ± 5.533 (sui file 1: Tabella S1). Il contenuto di lunghezza e GC delle sequenze era simile per tutti gli individui: 514 ± 10 bp e 53 ± 1 bp rispettivamente. Confronto tra il numero di sequenze, lunghezza della sequenza, o contenuti GC rivelato differenze significative di condizione orale o genere, indicante un insieme di dati equilibrata. La curva di rarefazione maggior parte dei campioni è avvicinato saturazione, indicando sufficiente legge per i confronti di condizioni e di genere (Fig. 1). Figura. 1 Curve di rarefazione ottenuti utilizzando database di RDP con il 97% di somiglianza, 100 bp allineamento minimo ed e-il valore di 10-5. Vedere la Tabella 2 per le etichette
Alpha diversità del microbiome orale in soggetti parodontite era significativamente (p & lt; 0,05) superiore rispetto a quella riscontrata nei soggetti con carie e soggetti edentuli. Anche se il microbiome orale era più diversificata nei soggetti parodontite rispetto ai soggetti sani, la differenza perdere significatività statistica (p = 0,06) (Fig. 2). La composizione del microbiome orale in soggetti con periodontite era differente da quello di tutte le altre condizioni orali. In particolare, la condizione periodontite aveva maggiore abbondanza di Bacteroidetes (32%), Fusobatteri (7%), spirochete (5%) e Synergisetes (1%) e meno Actinobacteria (14%) (Fig. 3). Actinobacteria erano più abbondante nel microbioma orale di soggetti sani (28%) e edentuli (34%), seguiti da Firmicutes, che si è verificato in abbondanze del 22% e del 30%, rispettivamente (Fig. 3). I soggetti con carie hanno mostrato abbondanze un po 'più bassi di Actinobacteria (19% vs. 29%) e leggermente più grandi abbondanze di Fusobatteri (5% vs 3%) nelle comunità microbiche orali rispetto ai soggetti sani (Fig. 3). Figura. 2 differenze specie diversità microbica tra quattro condizioni orali. vengono riportati i dati grezzi, media e deviazione standard. (* P = 0.06, ** p & lt; 0,05, *** p & lt; 0,001, T-test
)
Fig. 3 per cento abbondanza di microbi di phylum e la condizione
"Il complesso rosso"
Una trama ordinazione sulla base dei geni 16S rRNA ha rivelato che i microbiomes orali in soggetti con parodontite, edentulia, o la salute orale formano gruppi distinti (Fig. 4, pannello di sinistra). La trama ordinazione ha spiegato il 78% della variabilità osservata. Questi risultati, insieme con i valori di alta diversità, suggeriscono che microbiome orale in soggetti con periodontite, soggetti edentuli, e soggetti sani erano molto diversi tra loro. Permutazione MANOVA (pseudo prova F, arbitri. [42, 43]) ha mostrato differenze significative nella specie microbiche abbondanze tra le quattro condizioni orali (Bonferroni-adjusted valore p 0,0083). La rettifica Bonferroni riferisce ai 6 confronti, cioè, tutte le coppie di 4 gruppi. Al fine di determinare se i batteri "complessi rosso" (P. gingivalis
, T. denticola
e T. forsizia
) sono stati determinanti assoluti per la firma microbica della parodontite, sono stati rimossi i abbondanze di questi organismi dal set di dati originale. Non parametrico trama MANOVA e l'ordinazione analisi del set di dati senza batteri "complessi rosso" non ha modificato i risultati mostrati nella fig. 4a o il p-value. Figura. 4 Sinistra
pannello: PCOA trama ordinazione dei campioni orali umani 16 per condizione. Condizione:
rosso, parodontite; blu
, la carie;
nero, edentulous;
verde, sano. A destra
pannello: Proiezione di importanti specie microbiche che contribuiscono ai Gruppi in Proiezione delle Top 23 che contribuiscono batteri sulla trama PCOA (vale a dire, biplot) mostra il contributo relativo dei batteri per l'ordinazione (Figura 4, a destra.). Poiché lo scopo del biplot era prevalentemente illustrativi, il numero di specie esposta, 23, è stata scelta arbitraria basata sulla coda superiore dell'istogramma di formati di proiezione (file aggiuntive 1: Figura S1). P. endodontalis, Prevotella intermedia, T. vincentii,
e un incolto Porphyromonas
sp. sono stati trovati per contribuire alla composizione microbica in parodontite, mentre un complesso di P. melaninogenica, Fusobacterium nucleatum, P. catoniae, Capnocytophaga ochracea
e C. sputigena, C. gingivalis, Haemophilus Parainfluenzae e Neisseria elongata
contribuito al la composizione microbica di soggetti sani per via orale. I membri del
Streptococcus e Lactobacillus
sono stati associati con edentulia.
Le specie che contribuiscono alle differenze di diversità e le associazioni nella trama ordinazione sono riportati nella tabella 2. Venti-nove dei 587 specie microbiche aveva abbondanze più elevati nei pazienti con parodontite rispetto a quelli delle altre condizioni valutate. Nei soggetti sani, 10 dei 587 specie microbiche sono stati trovati in abbondanza più elevati rispetto ai soggetti non sani (Tabella 3) .table 2 specie batteriche che avevano significativamente diversi abbondanze (%) tra gli individui con la non-parodontite (NP ; ad esempio, sano, carie, edentuli) e parodontite (P) abbondanze basano su test di Mann-Whitney (alfa = 0.05)
Phylum /classe
Genere /specie
NP
P
Actinobacteria
atopobium vaginae
0,01
0.35 *
Actinomyces georgiae
0.05
0,35 **
Actinomyces meyeri
0.10
0.49 **
Bacteroidetes
Porphyromonas endodontalis
0.12
2.91 *
incolto Porphyromonas sp.
0,04
1,26 *
Porphyromonas gingivicanis
0.00
0,04 **
Tannerella forsizia
0.20
0,83 *
Prevotella intermedia
0.12
3.23 *
Prevotella pallens
0.14
0.85 *
Prevotella pleuritidis
0.00
0,01 **
Prevotella salivae
0.20
0,74 **
Firmicutes /clostridi
Parvimonas micra
0.12
1,19 *
Eubacterium saburreum
0,07
0,28 *
Pseudobutyrivibrio xylanivorans
0.00
0,06 *
Peptostreptococcus anaerobius
0,07
0.50 *
Firmicutes /Negativicutes
megasphaera micronuciformis
0.12
0.92 *
Fusobatteri
Leptotrichia wadei
0.10
0,32 **
Proteobacteria /Deltaproteobacteria
uncultured Desulfobulbus sp.
0.00
0,02 *
Proteobacteria /Proteobacteria Epsilon
Campylobacter retto
0.03
0,14 *
Campylobacter concisus
0.03
0,07 **
Spirochete /Spirochaetales
Treponema denticola
0,07
1,60 *
Treponema maltophilum
0,01
0.25 *
Treponema medio
0.03
0,29 *
Treponema socranskii
0.05
0,21 *
Treponema sp.
0.03
0,10 *
Treponema vincentii
0,07
0,71 *
Treponema pectinovorum
0.00
0,04 **
Synergistetes
Synergistetes batterio SGP1
0.05
0,23 *
Aminobacterium colombiense
0,01
0,05 *
* differenza significativa utilizzando entrambi i metodi di normalizzazione (ad esempio, specie prime abbondanze sono stati log2 trasformata, normalizzato per la produzione di valori relativi ((grezzo valori-medi) /STD) contro abbondanze normalizzati per il numero totale di legge in un campione)
** differenza significativa per abbondanze utilizzando i dati normalizzati solo per il numero totale di letture in una specie di campione
tabella 3 microbiche che aveva significativamente diversi abbondanze (%) tra gli individui con la non-sano (NH; parodontite, la carie, edentuli) e sano (H) abbondanze basano su test di Mann-Whitney (alfa = 0.05)
Phylum /classe
Genere /specie
NH
H
Actinobacteria
Micrococcus lylae
0.00
0,03 **
Bacteroidetes
Prevotella marshii
0.01
0,09 **
Firmicutes /bacilli
Abiotrophia para-adiacens
0,22
0,60 **
Granulicatella elegans
0.20
0,66 *
Granulicatella adiacens
0.60
1,27 **
Streptococcus iniae
0,04
0,15 *
Firmicutes /Negativicutes
Selenomonas ruminantium
0.00
Figura. Tutti gli autori hanno letto e approvato il manoscritto finale.
