Abstract
sfondo
Ci sono prove di un contributo genetico alla parodontite cronica. In questo studio, abbiamo condotto uno studio di associazione genome ampio tra i 866 partecipanti della Università di Pittsburgh Dental Registry e Repository DNA, la cui diagnosi parodontale variava da sani (n = 767) a grave parodontite cronica (n = 99).
Metodi
genotipizzazione
i di oltre mezzo milione di polimorfismi a singolo nucleotide è stato determinato. Le analisi sono state fatte due volte, prima nel set di dati completa di tutte le etnie, e la seconda tra cui solo i campioni definiti come i bianchi auto-riportati. Da i primi 100 risultati, una ventina di polimorfismi a singolo nucleotide avuto risultati costanti in entrambe le analisi (p-valori limite che vanno da 1E-05 a 1E-6) e sono stati selezionati per essere testato in due set di dati indipendenti derivati da 1.460 individui da Porto Alegre, e 359 da Rio de Janeiro, Brasile. sono state eseguite meta-analisi dei polimorfismi a singolo nucleotide che mostrano una tendenza per l'associazione nel set di dati indipendenti.
Risultati
Il marcatore rs1477403 situato 16q22.3 hanno mostrato suggestiva associazione nella fase di scoperta e nel set di dati di Porto Alegre (p = 0.05). La meta-analisi ha suggerito l'allele meno comune diminuisce il rischio di parodontite cronica.
Conclusioni
I nostri dati offrono un'ipotesi chiara per essere testato in modo indipendente per quanto riguarda il contributo del locus 16q22.3 di parodontite cronica.
Parole
parodontite parodontite cronica aggressiva parodontite Genetica Genetica medica polimorfismo genetico elettronico materiale supplementare
La versione online di questo articolo (doi:. 10 1186 /1472-6831-14-84) contiene materiale supplementare, che è disponibile per gli utenti autorizzati.
Sfondo
Sebbene studi di famiglia suggeriscono che i fattori ambientali sono le principali determinanti della varianza parodontite cronica [1-5], i confronti tra allevati-insieme e adulti -Apart gemelli monozigoti indica che l'ambiente familiare precoce non ha apprezzabile influenza sullo stato parodontale di adulti [6]. Diversi studi di associazione sono stati pubblicati negli ultimi dieci anni con l'obiettivo di identificare i fattori genetici che contribuiscono alla parodontite cronica [7]; Tuttavia, i risultati non sono necessariamente gli stessi a seconda della popolazione studiata [8].
Più recentemente, uno studio di associazione genome wide [9, 10] tra cui 1.020 e 4.504 partecipanti di auto-definita come bianchi selezionati dal rischio di aterosclerosi nelle Comunità (ARIC) coorte longitudinale suggerito alcuni romanzo loci essere possibili collaboratori di parodontite cronica, anche se nessuno di loro ha raggiunto la significatività statistica formale. Inoltre, i due elenchi di associati polimorfismi a singolo nucleotide del ARIC studiato campioni [9, 10] non ha, ovviamente, si sovrappongono. Divaris et al. [9] incluso anche analisi basate sulla colonizzazione batterica delle otto specie ed i risultati hanno suggerito ulteriore loci che possono contribuire alla suscettibilità individuale di essere colonizzata da specifici gruppi batterici.
In questo studio, abbiamo preso in considerazione la presenza di commistione etnica indagare l'associazione tra variazioni genetiche e parodontite cronica. Una scansione di associazione genome-wide per parodontite cronica è stata condotta, compresa l'analisi regolata dal fumo abitudini e lo stato di diabete e messo in scena con l'aggiunta incrementale campioni provenienti da diverse etnie, per affrontare il ruolo dei geni in questa malattia. I nostri risultati offrono un'ipotesi chiara per essere testato in modo indipendente per quanto riguarda il contributo al 16q22.3 e 21q22.11 loci di parodontite cronica.
Metodi
Discovery campione
Tutti i pazienti sono stati i partecipanti nel Registro di sistema dentale e DNA Repository (DRDR) della University of Pittsburgh School of Dental Medicine. A partire dal settembre del 2006, tutti gli individui che cercano il trattamento presso l'Università di Pittsburgh School of Dental Medicine sono stati invitati a far parte del Registro di sistema. Essi danno il consenso informato scritto che autorizza l'estrazione di informazioni dai loro impronte dentali. Inoltre, essi forniscono un campione di saliva da cui DNA può essere estratto. campioni di saliva non stimolati sono stati ottenuti da tutti i partecipanti (individui è stato chiesto di sputare) e memorizzati II a temperatura ambiente fino in fase di elaborazione. N centrifugazione è stata effettuata nei campioni di saliva. DNA è stato estratto secondo le istruzioni del produttore. L'Università di Pittsburgh Institutional Review Board approva questo progetto e tutti gli individui hanno firmato un documento di consenso informato scritto prima della partecipazione.
Nel gennaio 2010, i dati di 886 individui sono stati estratti dal Registro di sistema per questo progetto. Venti sono stati esclusi gli individui di età inferiore ai 17 anni di età. L'età media dei partecipanti era di 41.2 anni, con età che vanno dai 25 ai 89 anni. Cento e ventotto erano fumatori e 44 aveva il diabete. I partecipanti con il 30% o più denti con siti di perdita di attacco clinico di cinque millimetri o più sono stati definiti come aventi parodontite cronica [11, 12]. I partecipanti che hanno avuto perdita di attacco di cinque millimetri in meno del 30% dei siti non sono stati inclusi nello studio. Non ci sono casi che sono stati diagnosticati come parodontite aggressiva sono stati inclusi in questo studio. Novantanove pazienti sono stati diagnosticati con parodontite cronica (42 donne e 57 uomini con età che vanno da 30 a 83 anni). Sulla base della loro etnia auto-riferito 63 erano bianchi, 32 nero, e quattro appartenevano ad altre etnie e questi pazienti compreso il gruppo in questione. individui non affetti erano 767 (382 donne e 385 uomini di età compresa tra i 25 ei 84 anni di età). Sulla base della loro auto-riferito etnia 543 dichiarano di essere bianco, nero 158, e 66 appartenenti ad altri gruppi (Tabella 1). Ulteriori dettagli sono presentati come file di informazioni 1 (Appendice 1: "Fenotipo Definition"). La Dental Registry e Repository DNA è un progetto base ospedaliera e si prevede che i dati clinici saranno registrate da un certo numero di diversi professionisti. Tutti i record di ricerca sono stati esaminati per escludere la possibilità che i casi possono avere aggressivo periodontitis.Table 1 Sintesi delle popolazioni di studio
variabile
Pittsburgh
Porto Alegre
Rio de Janeiro
N
866
1.460
359
stato parodontite
interessati
99 (11,4%)
430 (29,4%)
183 (51%)
non interessato
767 (88,6%)
1.030 (70,6%)
176 (49%)
L'età media (anni )
41
40
56
Sex
femmine
439 ( 50,7%)
784 (53,7%)
257 (71,6%)
Maschi
427 (49,3%)
676 (46,3%)
105 (28,4%)
Origine etnica
bianca
606 (70%)
1.188 (81,4%)
288 (80,2%)
nero
190 (21,9%)
272 (18,6%)
71 (19,8%)
Altri
70 (8,1%)
0
0
Origine etnica
bianca
63
348
147
Negli individui con
nero
32
82
36
con parodontite
<
br> Altro
4
0
0
Fumatore
128 (14,8%)
430 (29,4%)
39 (10,9%)
auto-riferito diabete
44 (5,1%)
40 (2,7%)
31 (8,6%)
e campioni di DNA sono stati genotipizzati per 620,901 polimorfismi a singolo nucleotide (SNP) III. Dettagli dei nostri calcoli di potenza sono presentati come file di informazioni 1 (Appendice 2: "Calcoli di potenza del campione Discovery" e sui file 1). La matrice particolare SNP scelto include SNPs che sono rappresentativi per gli individui sia di origine africana ed europea [13], che abbiamo considerato un aspetto importante del progetto, dal momento che il gruppo di studio era composto da individui che sono bianchi auto-riportati o Neri.
di associazione tra stato di parodontite affetto e ogni polimorfismo a singolo nucleotide su tutto il genoma è stata testata utilizzando PLINK [14] e tutte le analisi sono state aggiustate per età, sesso, stato di diabete (sì o no), e abitudine al fumo (fumatore o non fumatore ), le variabili che sono associati con diversi livelli di malattia parodontale [15-19]. I dati sulla ex-fumatori non era coerente in tutti set di dati di registro e questa variabile non è stato utilizzato per l'analisi. Nell'analisi del set di dati completo, abbiamo adeguato anche per i componenti principali di una valutazione della struttura della popolazione, come descritto nel file aggiuntivo 1 (Appendice 3: "genoma Analisi," Appendice 4: "Regolazione per Razza nel genoma larga Analisi , "sui file 1). Abbiamo poi ripetuto queste analisi con campioni provenienti da individui bianchi solo (file aggiuntivo 1). Per tenere conto di test multipli, un valore p inferiore a 1E-07 (0,05 /473.514) è stato considerato statisticamente significativo.
Follow-up campioni
Dai 100 risultati con i più bassi valori di p, abbiamo scelto il più consistente scoperte (i risultati che hanno continuato a mostrare un trend di associazione) di entrambe le analisi (cioè
, analisi del set di dati completo e con campioni provenienti da solo individui bianchi;. ulteriore file 1), che comprende venti polimorfismi a singolo nucleotide (Tabella 2). Questi sono stati poi testati in due coorti di popolazione indipendenti dal Brasile. Dettagli di questi campioni sono riportati nella Tabella 1 e come ulteriori file di 1 (Allegato 5: "Dettagli dei campioni di follow-up"). Definizione della malattia parodontale utilizzato era lo stesso descritto nella scoperta SAMPLE.TABLE 2 Sintesi dei risultati del genoma a livello di associazione scansioni e analisi indipendente per la parodontite
marker
frequenza cronica allele minore
Locus
Località /gene
Genome Wide scan p-value tutti i campioni (99 colpiti, 767 affetti)
Genome wide scan p-value soli bianchi (63 colpite , 543 inalterato)
indipendente Porto Alegre coorte p-value (430 colpiti, 1.030 inalterato)
indipendente Rio de Janeiro coorte p-value (183 colpite, 176 inalterata)
rs10858049
0,19
1p13.2
DENND2C
9.54E-05
0.01
0.78
0.3
rs4572866
0.19
4p15.2
Intergenic
5.80E-05
0.0006
0.49
0.42
rs6905786
0.45
6q16.2
Intergenic
1.41E-05
0.0003
0.65
0.72
rs7740539
0.26
6q21
Intergenic
1.39E-05
2.85E-05
0.16
0.65
rs10266202
0.41
7p21.3
Intergenic
3.89E-05
0.0003
0.68
0.4
rs4735081
0.4
8q23.1
Intergenic
1.80E-05
4.71E-05
0.48
0.86
rs6597536
0.15
9q34.13
MED27
3.62E-05
0.0002
0.91
0.9
rs1954179
0.34
10q25.2
RBM20
7.42E-05
0.0008
0.85
0.82
rs10501568
0.1
11p14.1
dlg2
8.81E-06
9.38E-05
0.58
0.66
rs1026477
0.47
11p14.1
MPPED2
5.48E-05
2.79E-06
0.68
0.98
rs982322
0.31
12q14.1
SLC16A7
3.99E-05
0.0008
0.48
0.74
rs1913208
0.42
13q33.1
Intergenic
6.46E-05
0.0004
0.17
0.6
rs1477403
0.46
16q22.3
Intergenic
6.18E-05
0.0001
0.05
0.66
rs1558878
0.45
17q24.2
ARSG
8.53E-05
0.0004
0.63
0.29
rs8066940
0.42
17q25.3
Intergenic
2.79E-05
0.0004
0.37
0.3
rs7254232
0.38
19q13.32
Intergenic
2.57E-06
0.0005
0.14
0.2
rs2833017
0.45
21q22.11
Intergenic
5.20E-05
0.0004
0.32
0.001
rs9305434
0.33
21q22.11
Intergenic
7.91E-05
0.0008
0.41
0.008
rs2048126
0.46
21q22.11
Intergenic
8.43E-05
0.0008
0.43
0.001
rs466092
0.25
21q22.3
MX2
1.28E-05
1.10E-05
0.14
0,76
Nota: P -Valori sono legati alle differenze nella distribuzione dei polimorfismi a singolo nucleotide tra individui affetti e non affetti.
per i 20 polimorfismi a singolo nucleotide selezionati per questo test indipendenti, la genotipizzazione è stata effettuata utilizzando TaqMan chimica [20] e l'analisi end-point. IV, tutti i marcatori genetici erano in Hardy-Weinberg (dati non riportati). Per determinare l'associazione tra la malattia e qualsiasi frequenza allele o genotipo, abbiamo usato la regressione logistica aggiustato per età, sesso, etnia, stato di diabete, e lo stato di fumare utilizzando PLINK [14]. I dati sulla ex-fumatori non era disponibile in questi dataset. Il campione da Porto Alegre è stato regolato anche da indice di massa corporea e dal momento che questi dati erano disponibili e questa variabile è stata associata a malattie parodontali. P-valori uguali o inferiori a 0,0025 (0,05 /20) sono stati
considerato statisticamente significativo per il follow-up risultati dello studio. La meta-analisi
Al fine di ricavare una statistica riassuntiva per l'associazione con i quattro SNPs che hanno mostrato una tendenza per l'associazione in uno dei follow-up campioni studiati dal Brasile, una meta-analisi modello degli effetti casuali è stato utilizzato per stimare l'odds ratio per la presenza dell'allele associato determinata dalla analisi di associazione genome-wide. Prima di mettere in comune i dati, abbiamo stimato statistica Q di Cochran, che indica il grado di eterogeneità. Non c'è stata evidenza di eterogeneità significativa complessiva (Q = 2.7, p = 0,264). Un modello a effetti casuali è stato utilizzato perché include componenti della varianza, sia all'interno e tra gli studi. Inoltre, perché produce in genere un intervallo di confidenza più ampia di un modello degli effetti fissi, la modalità effetti casuali è più conservatore [21]. Il set di dati completo dalla Pittsburgh è stato utilizzato. MedCalc versione 13 è stato utilizzato (MedCalc Software, Ostenda, Belgio).
Risultati
Genome associazioni ampie studio
filtri di qualità sui polimorfismi a singolo nucleotide sono stati applicati prima analisi tra cui l'esclusione di monomorfa e alto tasso mancante polimorfismi a singolo nucleotide ( & gt; 10%). Dal totale 620,901 polimorfismi a singolo nucleotide nel chip, 477,410 marcatori superato il controllo di qualità. Ci sono stati ulteriori 3.896 marcatori che non erano in Hardy-Weinberg (p ≤ 0,0001) o frequenze alleliche minori non erano ben informato (frequenza ≤ 0,05) e sono stati anche esclusi. Un totale di 473,514 marcatori polimorfismo a singolo nucleotide sono stati utilizzati per l'analisi. Sebbene non polimorfismi a singolo nucleotide soddisfatti i criteri conservativi per significatività genome-wide, più loci suggestiva, rappresentati da uno o più associati marcatori con valori di p compresi tra 1E-5 e 1E-6, sono stati osservati nel campione scoperta (Figura 1). Figura 1 plot Manhattan che riassume i risultati dello studio di scansione a livello del genoma. Non p-value raggiunto la soglia di significatività di 1E-07. Intercalando colori blu indicano diversi cromosomi. Il cromosoma Y non è stato analizzato, quindi non appaiono i marcatori (colore blu). I puntini rossi indicano i risultati più significativi.
Follow-up studi
Abbiamo selezionato 20 polimorfismi a singolo nucleotide che hanno avuto risultati costanti in entrambe le analisi del campione totale e bianchi auto-riportati solo per testare in due coorti indipendenti (Tabella 2) . Inclusione di sesso, etnia, status di diabete, abitudine al fumo, indice di massa corporea e insieme con l'età nel modello non ha modificato sostanzialmente i risultati ei dati qui presentati sono basati sul modello più semplice aggiustato solo per età. Il marcatore rs1477403 situato 16q22.3 è stato l'unico che ha mostrato una tendenza per l'associazione nella coorte da Porto Alegre, Brasile rapporto [odds = 1,2 (95% intervallo di confidenza 1,0-1,47); p = 0,05 per la distribuzione allele, Tabella 2]. Tre marcatori in 21q22.11 hanno mostrato una tendenza per l'associazione (p-valore nominale inferiore a 0,05) con parodontite cronica nella coorte da Rio de Janeiro (Tabella 2). Questi marcatori sono in forte linkage disequilibrium con l'altro (D '= 1.0)
. Meta-analisi
le figure 2, 3, 4, e 5 mostrano le odds ratio per l'associazione di rs1477403 nel 16q22.3 e la tre SNPs in 21q22.11 nei campioni da Pittsburgh, e le due coorti brasiliano. Solo rs1477403 mostrano un'associazione che è coerente in direzione per le tre popolazioni studiate. L'allele meno comune è sotto-rappresentata in individui affetti da parodontite cronica, il che suggerisce un effetto protettivo. I risultati incoerenti attraverso gli studi per gli altri tre 21q22.11 indicatori suggeriscono una vera e propria associazione tra parodontite cronica e il locus probabilmente non esiste. Figura 2 Sintesi dei risultati di meta-analisi per rs1477403 (16q22.3).
Figura 3 Sintesi dei risultati di meta-analisi per rs9305434 (21q22.11).
Figura 4 Sintesi dei risultati di meta-analisi per rs2833017 (21q22.11).
Figura 5 Sintesi dei risultati di meta-analisi per rs2048126 (21q22.11).
Discussione
In questo studio, 2.685 campioni di DNA sono stati analizzati provenienti da due studi di coorte e un set di dati caso-controllo. Questi diversi disegni di studio spiegano la variazione della frequenza di malattia parodontale in ciascuno dei gruppi di studio che vanno dal 11% al 50%.
Il primo passo del nostro studio comprendeva una analisi dell'intero genoma. parodontite cronica ha una prevalenza di oltre il 47% negli Stati Uniti, sulla base dei dati NHANES [22], e in generale sono necessarie per studiare una malattia comune che una malattia rara [23] le dimensioni del campione più bassi. Tuttavia, con il numero relativamente modesto di individui affetti e potenza statistica anticipato, abbiamo implementato due strategie per migliorare la potenza statistica. Abbiamo incluso almeno quattro controlli per ogni singolo caso, che è considerato il gold standard per il numero di casi e controlli devono essere raccolti in uno studio di genetica caso-controllo [23]. L'altro si avvicina era di usare i casi con almeno 30 siti% della bocca affetti da parodontite cronica, quindi evitando l'inserimento di casi meno gravi. Questo approccio è pensato per massimizzare la varianza delle variabili predittive (ogni variante genetica o X), che secondo b x ± t nm-1; α√MSE /nV x (1-R < sup> 2) dove MSE è l'errore quadratico medio, n è la dimensione del campione, V x è la varianza di x, e (1-R 2) è la proporzione della varianza x non condivisa da nessun altre variabili nel modello, aumenteranno potenza e precisione [24]. Mentre nessun polimorfismo a singolo nucleotide esposto associazione al genoma significato, diverse regioni genomiche hanno mostrato evidenza suggestiva per associazione. Tuttavia, solo quattro marcatori genetici in due loci hanno mostrato anche una tendenza per l'associazione in esperimenti indipendenti con diversi set di dati di popolazione, e solo un marcatore hanno mostrato un'associazione quando i campioni sono stati tirati. Questi risultati sono interessanti perché un esperimento è stato fatto in una coorte ospedale-based che dati clinici è ottenuta da diversi professionisti e maggiore eterogeneità, e le seguenti esperimenti sono stati fatti in coorti e dati basati sulla popolazione sono stati raccolti con rigore sperimentale per aumentare l'omogeneità. rs1477403 è situato in 16q22.3 e in una sequenza di RNA non codificante uncharacterized (LOC100506172). Il cambiamento nucleotide non si conserva nel topo, scimpanzè, orangutan, o macaco in base ai dati disponibili a UCSC Genome Browser ed è improbabile che abbia un ruolo funzionale diretta, ma questa possibilità non può essere esclusa.
Il nostro approccio per selezionare i marcatori per follow-up incluso confrontando i primi 100 risultati delle due analisi del genoma di scansione ampio. Avremmo potuto priorità marcatori sulla base dei nostri calcoli di potenza iniziale. Tuttavia, un presupposto giusto per le malattie parodontali è che i contributi singolo gene sono piccole e se abbiamo usato odds ratio cut-off inferiore a 1,5, avremmo probabilmente diverse centinaia se non migliaia di possibili marcatori da seguire. design a due stadi per la manipolazione SNP ordinati sulla base di valori di p hanno dimostrato di migliorare la classifica e per diminuire i valori di significatività sovrastimati [25-28] .Abbiamo anche eseguito una met-analisi per aiutare a interpretare i risultati delle analisi dei quattro SNPs nei tre gruppi di popolazione. Se una popolazione produce una grande p-value per un determinato SNP quando altri due popolazioni hanno prodotto piccoli per questo SNP, sembra che ci siano diverse ragioni possibili. Uno potrebbe essere che l'SNP è veramente associato con il tratto nelle popolazioni che conferiscono il segnale, ma il SNP non è associato con il tratto della terza popolazione. Un'altra possibilità è che l'SNP è associato con il tratto in tutte le popolazioni, ma il campione di individui raccolti da una delle popolazioni per caso successo a fornire bassa potenza. Una terza possibilità è ovviamente che l'SNP non è associato con il tratto, e le due popolazioni che hanno mostrato un segnale erano entrambi falsi positivi. Se vi è, in realtà, associazione nella terza popolazione, ma il campione è capitato di visualizzare bassa potenza, quindi mentre la direzione di qualsiasi effetto visto nel campione sarebbe dovrebbe essere lo stesso, sembra anche improbabile che per caso potrebbe in realtà essere opposto (p-valori bassi significano effetto dimensioni vicino allo zero in un dato campione, e, come tale, "effetto" potrebbe essere in entrambe le direzioni). Ipotizziamo che il segnale per l'SNP 16q22.3 è reale, nonostante l'analisi individuale di una delle popolazioni brasiliano non indica associazione (Figura 2). D'altro canto, poiché i segnali per i SNP in 21q22.11 non sono costanti (figure 2 a 4), ipotizziamo l'evidenza di associazione con questo locus è un falso positivo. Queste analisi esemplificano la sfida di interpretare i risultati di questo tipo di studi.
Lo studio vasta associazione primo genoma in parodontite hanno studiato il tipo aggressivo della malattia [8]. Questo studio ha identificato una associazione con un pennarello nel locus di GLT6D1
e gli esperimenti funzionali suggerito che ridotta affinità di legame per il GLT6D1
locus GATA3 potrebbe essere un componente della fisiopatologia della parodontite [8]. Questo locus non è uno stiamo suggerendo di essere associati con periodontite cronica. La mancanza di sovrapposizione tra i nostri risultati e degli altri [9, 10] in largo la scansione del genoma per parodontite cronica e lo studio di Schäfer et al. [8] è probabilmente dovuto al fatto che queste due condizioni sono influenze genetiche distinte. Abbiamo precedentemente dimostrato che gli aggregati parodontite aggressiva nelle famiglie e la sua modalità più parsimoniosa di eredità è un modello di trasmissione semi-generale che permette la trasmissione eterozigote di variare [29]. Questo è molto diverso da ciò che vediamo in parodontite cronica in cui una chiara aggregazione familiare può essere rilevato.
Nostri vantaggi di studio da diversi punti di forza, tra cui i dati polimorfismo a singolo nucleotide genome-wide e valutazione rigorosa ed approfondita dei fenotipi. La genotipizzazione e garanzia di qualità /controllo di qualità ha prodotto dati di qualità eccezionale. Inoltre, come uno degli ampi studi di associazione primo genoma di parodontite cronica segnalato fino ad oggi, questo studio ha compiuto l'obiettivo principale (la vasta associazione studio di design del genoma non basato su ipotesi), di generare interesse nei geni e regioni genomiche precedentemente unstudied in contesto della salute orale. Tuttavia, questo studio mette in evidenza anche le sfide di identificare geni coinvolti nella malattia complessa comuni, vale a dire, che i numerosi geni, per lo più di piccole dimensioni effetti, sono suscettibili di contribuire alla parodontite, e che la scoperta di singole varianti possono essere estremamente difficile. Le nostre popolazioni studio ha avuto un mix di individui di entrambi i bianchi e neri patrimonio e questo complica ulteriormente qualsiasi analisi dal momento che la frequenza dell'allele può essere disparate tra le diverse popolazioni. Anche se abbiamo attentamente preso in considerazione questo fattore, non possiamo escludere la possibilità che le associazioni suggestive abbiamo trovato sono influenzati dalla variazione etnica dei campioni. Mentre la ricerca sulla genetica della parodontite in ritardo rispetto molte altre malattie complesse comuni importanti, questo studio fornisce un trampolino di lancio per il futuro gene candidato e studi funzionali di malattie parodontali. La disponibilità pubblica di questi dati tramite portali online faciliterà l'utilità di questo studio nella progettazione di futuri sforzi e collaborazioni cross-studio per capire la genetica delle malattie parodontali.
Conclusioni
I nostri dati offrono un'ipotesi chiara per essere testato in modo indipendente per quanto riguarda il contributo del locus 16q22.3 di parodontite cronica.
Endnotes
iPerformed in una piattaforma Illumina 610-Quad.
iiStored in kit Oragene DNA self-Collection (DNA Genotek Inc ., Ottawa, oN, Canada).
iiiUsing la Illumina Human610-Quadv1_B BeadChip (Illumina Inc., San Diego, CA, USA).
ivPerformed su un Applied Biosystems 7900 Detection HT Sequence macchina system (Applied Biosystems Inc., Foster City, CA, USA).
dichiarazioni
Ringraziamenti
gli autori sono in debito con tutti i pazienti che con entusiasmo hanno accettato di far parte di questo progetto. I dati di questo studio è stato fornito dal Dental Registry e Repository DNA della School of Dental Medicine, University of Pittsburgh. Il sostegno finanziario per questo lavoro è stato fornito dal NIH concedere 5TL1RR024155.
Sintesi dei risultati principali
Un marcatore in 16q22.3 è associata con parodontite cronica in diverse popolazioni diverse e può essere importante per determinare il rischio per la malattia. | Electronic materiale supplementare
12903_2014_413_MOESM1_ESM.doc sui file 1:. Ulteriori informazioni sulla definizione fenotipo, calcoli di potenza e genoma associazione analizza (DOC 667 KB) Autori 'iniziale ha presentato i file per le immagini
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Gli autori non hanno interessi in competizione a dichiarare.
contributi degli autori
PF, PLC, KD, HK J-HK eseguita la manipolazione del DNA e tutti gli esperimenti di laboratorio. PF, XW, PLC, ECK, e ARV analizzati ed interpretati i dati. PLC, JN, ANH, VQ, LLB, CS, JMG, e ARV svolte attività relative al reclutamento soggetto, definizioni fenotipo, e la raccolta di campioni biologici. PLC, JMG, CS, e ARV progettati gli studi di coorte originale. Tutti gli autori criticamente rivisti il manoscritto. Tutti gli autori hanno letto e approvato il manoscritto finale.
